Le réseau hydrographique alsacien, particulièrement dense, est formé de deux systèmes : celui de l’Ill et celui du Rhin. Ces deux systèmes cheminent parallèlement vers le nord à une dizaine de kilomètres de distance jusqu’au delà de Strasbourg où l’Ill rejoint le Rhin immédiatement à l’aval de l’usine hydroélectrique de Gambsheim.

Les activités humaines engendrent des pressions polluantes qui ont des incidences plus ou moins marquées sur la qualité des eaux de surface.

Afin d’appréhender au mieux cette qualité, le Réseau National de Bassin, composé de 77 stations, réalise chaque année, un suivi des paramètres chimiques et biologiques. Ce réseau est sous la maîtrise d’ouvrage de l’Agence de l’Eau Rhin-Meuse. Elle en assure également la co-gestion avec la DREAL Alsace.

L’évaluation de la qualité des cours d’eau utilise un Système d’Evaluation de la Qualité de l’Eau (SEQ Eau) depuis 2000. Cet outil constitue une évolution importante par rapport à la grille d’évaluation de 1971. Au sein de cette dernière, les paramètres physico-chimiques et biologiques étaient examinés de façon indépendante. Cela ne permettait pas de mettre en évidence des relations de cause à effet immédiates par rapport aux usages et fonctions de la ressource en eau (potentialités biologiques, production d’eau potable, loisirs aquatiques, irrigation, abreuvage des animaux, aquaculture...).
En revanche, le SEQ Eau regroupe entre eux les paramètres qui sont en inter-relations. Ces regroupements sont appelées " altérations ". A chaque altération est affectée une classe de qualité aux vues des résultats de mesures des paramètres qui la composent. Il est alors possible d’évaluer le degré d’aptitude des eaux à satisfaire les fonctions et usages précités.

Remarque importante : dans ce rapport les résultats présentés sont issus de l’utilisation de l’outil SEQ-Eau dans sa version 1. Certaines interprétations et conclusions présentées peuvent donc différer de celles obtenues à partir de versions plus récentes mais non encore définitivement homologuées au niveau national.

Les données du Réseau National de Bassin ont été utilisées pour réaliser l’état des lieux dans le cadre de la mise en œuvre de la directive 2000/60/CEE visant à établir un cadre pour la gestion et la protection des eaux par grand bassin hydrographique (désigné par le terme " district " dans la directive), tant du point de vue qualitatif que quantitatif.
Cette directive est plus communément appelée Directive Cadre sur l’Eau (DCE). Elle fixe des objectifs environnementaux ambitieux pour la préservation et la restauration de l’état des eaux superficielles et souterraines avec une obligation de résultat pour atteindre le bon état des eaux en 2015.
La circulaire DCE 2005/12, du 20 juillet 2005, précise cette notion de " bon état " des eaux superficielles en définissant des valeurs seuils provisoires pour certains paramètres physico-chimiques et biologiques. Ces valeurs seuils du bon état seront établies définitivement fin 2008. Pour les paramètres biologiques, les valeurs seront définies en terme d’écart à une référence préalablement déterminée pour chaque type de cours d’eau.